İki teras üzerine iki katlı medrese, cami ve türbe ile birlikte külliye şeklindedir.
Tuğlu tonozlu revaklar ve yanlara doğru derin tonozlarla genişletilmiş tromp kubbeli Cami, revaklı avluda büyük eyvanın selsebilli kanallarda ortadaki havuza bağlanmıştır.
(Bu sistem islamın yaşama bakış açısını gösteren felsefi bir özetlemedir sanki. Kaynaktan sakin bir şekilde çıkan su, doğumu simgeler. Yerdeki uzun ve geniş kanal, çocukluğu, gençliği ve yetişkinliği simgeler. Bu geniş kanalın sonundaki havuza dökülen dar kanal, ölümdür. Bu dar kanalın sonundaki büyük havuz ruhların cennete ve cehenneme ayrılacağı araftır. Geniş kanalı sonunda üstten giden tahliye kanalı cennete gidişi, alttan çıkan tahliye kanaılı da cehenneme geçişi sembolize eder.)
700 yıllık bir tarihe sahip mükemmel bir mimari yapısıyla, nakış nakış süslenmiş,her köşesi ilim ve irfan kokan Kasımiye medresesinde hem dini ilimler hem fenni ilimler icra edilmiş. Bu iki ilim birbiri ile uyum sağlamış. Medrese duvarlarında ve sınıf tabir edilen küçük odaların üstünde o dersliğin hangi bilime ayrıldığını gösteren astronomi ve tıp bilimine ait simgeler mevcut.
Rivayetlere göre Kasım Paşa burada katledilmişler. Kasimiye medresesi eyvanı, rivayete göre, Kasım Paşa’nın kız kardeşi, Kasım Paşa öldüğünde kanlı gömleğini ağıtlar eşliğinde bu eyvanın duvarlarına sürülmüş ve hala o duvarlara su döküldüğünde duvarda ki kan izleri belli olmaktaymış, duvarlardaki kan izlerinin bunlara ait olduğu söylenir.
Kasımiye medresesi değişik bir mimari ile tasarlanmış. Güneş doğduktan sonra güneş batana kadar cephe önemli olmaksızın tüm derslikler güneş ışığından faydalanabiliyor. Dersliklerin kapı yüksekliği bir metreden biraz fazla. Bu yükseklik özellikle tercih edilmiş öğrenci hocasının huzuruna girerken başını eğsin, hürmette kusur etmesin diye. Orta Asyadan gelen sembolizmin İslam felsefesi ile kucaklaştığı bir şah eser.
Medrese de halen müze düzenleme çalışmaları devam ettiğinden o dönemden kalma birçok tıbbi malzeme çerçeveler içinde avluda sergileniyor.














